La Riserva e l'Area Marina Protetta di Torre Guaceto sono interessate dalla presenza della Zona Speciale di Conservazione (ZSC) denominata "Torre Guaceto e Macchia S. Giovanni" (codice: IT9140005).
Le ZSC costituiscono un sistema di aree geografiche, detto Rete NATURA 2000, sul quale l'Unione Europea concentra gli sforzi per la conservazione degli habitat e delle popolazioni di specie animali e vegetali che caratterizzano la biodiversità europea.
La Rete NATURA 2000 è il risultato dell'applicazione della Direttiva 92/43/CEE, detta Direttiva Habitat. L'istituzione di una ZSC dipende dalla presenza, entro i suoi perimetri, di specie e di tipi di habitat che la Direttiva definisce di interesse comunitario. Tra questi sono inclusi particolari specie e tipi di habitat che rischiano di scomparire nel territorio dell'Unione Europea e, per questo, vengono classificati dalla Direttiva come prioritari.
La ZSC "Torre Guaceto e Macchia S. Giovanni" è interessata dalla presenza di 20 tipi di habitat della Direttiva Habitat, di cui 6 sono prioritari.
Di seguito si riporta l’elenco degli habitat, con il codice Natura 2000 tra parentesi; l’asterisco designa i tipi prioritari.
- Habitat delle acque marine e degli ambienti a marea:
- Praterie di Posidonia (Posidonion oceanicae) (1120*)
- Lagune costiere (1150*) o Scogliere (1170)
- Habitat delle scogliere marittime e delle spiagge ghiaiose:
- Vegetazione annua delle linee di deposito marine (1210)
- Scogliere con vegetazione delle coste mediterranee con Limonium spp. endemici (1240)
- Habitat delle paludi e dei pascoli inondati:
- Vegetazione annua pioniera a Salicornia e altre specie delle zone fangose e sabbiose (1310)
- Pascoli inondati mediterranei (Juncetalia maritimi) (1410)
- Praterie e fruticeti alofili mediterranei e termo-atlantici (Sarcocornietea fruticosi) (1420)
- Habitat delle dune marittime:
- Dune embrionali mobili (2110)
- Dune mobili del cordone litorale con presenza di Ammophila arenaria (dune bianche) (2120)
- Dune con prati dei Malcolmietalia (2230)
- Dune con prati dei Brachypodietalia e vegetazione annua (2240)
- Dune costiere con Juniperus spp. (2250*)
- Dune con vegetazione di sclerofille dei Cisto-Lavanduletalia (2260)
- Habitat delle acque stagnanti:
- Stagni temporanei mediterranei (3170*)
- Formazioni erbose secche seminaturali:
- Percorsi substeppici di graminacee e piante annue dei Thero-Brachypodietea (6220*)
- Praterie umide seminaturali:
- Praterie umide mediterranee con piante erbacee alte del Molinio-Holoschoenion (6420)
- Paludi basse calcaree:
- Paludi calcaree con Cladium mariscus e specie del Caricion davallianae (7210*)
- Habitat rocciosi:
- Grotte non ancora sfruttate a livello turistico (8310)
- Foreste:
- Foreste di Quercus ilex e Quercus rotundifolia (9340)
Gli habitat della Direttiva occupano, limitatamente ai perimetri della Riserva, una superficie complessiva di 82 ettari (pari a 7% della superficie dell'intera area protetta).
La specie vegetale prioritaria presente in Riserva è il lino delle fate meridionale (Stipa austroitalica), una graminacea endemica dell'Italia Centro-Meridionale, i cui fiori sono dotati di una lunga e flessuosa resta pelosa.
