L’Area Marina Protetta di Torre Guaceto ha un alto livello di biodiversità.
Numerose sono le specie di pesci che la popolano con un gran numero di individui, in alcuni casi, di notevoli dimensioni. Numerose sono anche le specie vegetali presenti, la più importante è la posidonia. Si tratta di una pianta che forma vere e proprie praterie visibili ad una profondità compresa tra i 10 e i 15 metri. A partire dai -20 metri in giù, invece, i fondali sono caratterizzati dal magico coralligeno.
E sulla cosa, tra gli scogli e le dune, nidifica un uccello tanto piccolo, quanto speciale: il fratino.