Gli ambienti naturali più importanti della Riserva sono tre: il litorale, la macchia mediterranea e la zona umida.
Il litorale
Sulla sabbia depone le uova il fratino, uccello limicolo di piccole dimensioni; le uova hanno il colore della sabbia, vengono sistemate in una depressione e mimetizzate con conchiglie e foglie di posidonia. Sono tante le specie che frequentano questo ambiente in tutti i mesi dell’anno alla ricerca del cibo o per riposare durante la migrazione. Tra tutti la più caratteristica è la beccaccia di mare, dal lungo e colorato becco. Lungo tutta la linea di costa della Riserva, gli arenili di sabbia si alternano a brevi tratti di scogliera. Tra le vaschette d’acqua salata e frequentate dai granchi, il finocchio marino, la salicornia ed il limonio pugliese fronteggiano il mare. Dietro la duna numerose specie di arbusti sempreverdi crescono a stretto contatto l’uno con l’altro e si addensano fino a costituire le comunità di macchia mediterranea e di gariga. Le specie sono che si sono adattate all’ambiente al fine di contrastare il caldo e la siccità dell’estate sono: il lentisco, l’alaterno, l’asparago pungente, il timo arbustivo, il rosmarino, il mirto. Tra gli animali che frequentano la macchia si menziona il tasso, un mammifero assai raro e schivo, la luscengola ed il ramarro. Dietro la duna, dove la falda acquifera affiora, la cannuccia domina incontrastata. Insieme ad essa poche altre specie, come la campanella, che utilizza i fusti della cannuccia come tutori su cui arrampicarsi per esporre al cielo i suoi grandi fiori bianchi. Qui gli animali più frequenti ed appariscenti sono gli uccelli. Alcuni trascorrono tutta la vita in questo habitat, come il tarabuso, altri, come gli storni e le rondini, lo utilizzano solo di notte per riposare. Altri uccelli palustri, come la folaga, il tuffetto e il Cavaliere d’Italia costruiscono grandi nidi galleggianti ancorati alle piante. Là dove la salinità dell’acqua è meno elevata vivono anche anfibi e rettili tra cui la testuggine d’acqua.
La macchia mediterranea
La macchia mediterranea è un ecosistema costituito essenzialmente da piante arbustive e da alberi di piccole dimensioni. La sua ampia diffusione in tutto l’areale mediterraneo costiero deriva dalla progressiva scomparsa dei boschi sempreverdi al climax, dovuta ad incendi, disboscamenti e fenomeni di degrado. Originariamente la presenza delle leccete confinava la macchia mediterranea ai limiti delle formazioni boschive o ne limitava lo sviluppo a sottobosco. La sua conformazione è dovuta principalmente alle condizioni limitanti in cui cresce. La vicinanza del mare e la conseguente salsedine trasportata dal vento, il periodo di siccità estivo, il forte irraggiamento delle foglie, condizionano lo sviluppo delle piante che hanno evoluto meccanismi difensivi osservabili soprattutto nella morfologia delle foglie e nei cicli vitali. A Torre Guaceto la formazione boschiva è stretta ad est dal mare e a sud dalla zona umida, condizioni che rendono molto interessanti le interazioni che si vengono a formare tra i diversi ecosistemi. La macchia mediterranea di Torre Guaceto rappresenta un ambiente con un'elevata biodiversità: arbusti, alberi, piante erbacee, rettili, mammiferi, uccelli, anfibi. Oltre gli arbusti tipici della macchia (lentisco, corbezzolo, mirto) è importante segnalare la presenza del Ginepro Coccolone subspp. Macrocarpa, di cui esiste un esemplare secolare a circa metà del percorso verso la torre.
I rami e le foglie degli arbusti e delle piante, che crescono in stretta vicinanza tra loro, creano un groviglio inestricabile, reso ancora di più impenetrabile dai rampicanti, come lo stracciabraghe. Tale ricchezza di specie e di tipologie vegetazionali offre numerosissimi siti idonei a svariate specie animali. Oltre ai piccoli insetti e agli altri invertebrati questo habitat ospita, infatti, una ricca comunità di vertebrati che nella macchia trovano rifugio, siti adatti alla riproduzione ed una notevole fonte di alimentazione. Tra i più conosciuti vi sono senz'altro la volpe e il riccio tra i mammiferi, la cinciallegra, il pettirosso, il merlo, la capinera fra gli uccelli, il colubro leopardino tra i rettili, il rospo comune e la raganella tra gli anfibi. Se la macchia mediterranea è sottoposta a ripetuti incendi e a pascolamento intensivo, la copertura arbustiva diviene bassa e discontinua, scompaiono gradualmente gli arbusti di macchia alta e si afferma un tipo di vegetazione costituito da specie con foglie simili a quelle delle eriche. E' un tipo di vegetazione che generalmente non supera i 50 cm di altezza e che si insedia su substrati poveri e degradati, spesso sabbiosi, dove frequentemente affiora la roccia madre. In questo tipo di ambiente a Torre Guaceto abbondano i cisti (Cistus incanus, Cistus salvifolius Cistus monspeliensis), il timo arbustivo (Thymus capitatus), il rosmarino (Rosmarinus officinalis). Ma sono molto frequenti anche le specie dotate di bulbo come la scilla marina (Urginea maritima) e varie specie di orchidacee spontanee. Oltre alla microfillia, le specie della gariga sono spesso dotate di una tipica forma a cuscinetto (pulvino) che è quella che meglio si presta ad offrire il minor attrito possibile al vento che spesso disidrata i tessuti delle piante, e offre anche la minor superficie possibile alla insolazione dei raggi solari.
La zona umida
Continuando a camminare verso sud incontriamo la zona umida, che rappresenta l’ecosistema che maggiormente caratterizza e rende unica Torre Guaceto. Inserita fin dal 1981 nella lista della Convenzione di Ramsar, che ha individuato l’importanza a livello internazionale degli ambienti palustri, la zona umida di Torre Guaceto è alimentata da polle sorgive d’acqua dolce. Il suo stesso nome deriva dalla parola araba Al GAWSIT, che vuol dire “luogo dell’acqua dolce”. Essendo posta lungo la costa, però, la zona umida è d’acqua salmastra. La presenza a Torre Guaceto della zona umida e le conseguenti relazioni che si vengono a creare con gli ambienti limitrofi, rappresentano la caratteristica naturalistica tra le più importanti dell’area. Questo è un ambiente ad elevata produttività e ad alta biodiversità perché sono sede di interessanti fenomeni.
Tra i primi elementi che permettono di spiegare l’elevato dinamismo dell’area ci sono il popolamento della stessa da parte di numerose specie vegetali ed animali e la presenza di gradienti di temperatura e salinità che permettono di individuare veri e propri “settori” all’interno della stessa zona. Altro elemento importante sono i punti di contatto tra il mare e l’acqua della zona umida. Torre Guaceto, come molte altre zone similari, è stata interessata da un’opera di bonifica decenni orsono e per questo motivo ancora oggi, qui si rileva la presenza di numerosi canali che mettono in contatto le due zone. In questi punti, l’incontro tra acque di differente temperatura, salinità e densità provoca dei rimescolamenti che interessano soprattutto i sedimenti. In tal modo sono rimessi in circolo elementi organici e inorganici che, in condizioni normali, sarebbero rimasti intrappolati nel sedimento.
Grazie a questi rimescolamenti i sedimenti vengono ossigenati, cosa che favorisce la funzione dei decompositori, molto attivi in questo ambiente. Infatti, il classico puzzo di “uova marce”, caratteristico delle paludi, altro non è che una conseguenza della decomposizione. La zona umida di Torre Guaceto rappresenta un importante sito di ricerca, sia dal punto di vista ecologico, sia da quello faunistico.
La Convenzione di Ramsar
La Convenzione di Ramsar è stata firmata nel 1971 da vari stati per proteggere, a livello internazionale, le zone umide. La convenzione individuava in questi particolari ambienti delle zone importanti per due motivi essenziali: l'alto valore scientifico, per l'elevata biodiversità e produttività che la caratterizzano e il ruolo rivestito nella migrazione di uccelli. Infatti, le zone umide rappresentano dei punti di sosta importanti lungo il cammino che gli uccelli compiono due volte l'anno. Per tale motivo sono state individuate delle zone umide che era prioritario proteggere. Torre Guaceto è diventata zona umida di interesse internazionale nei primi anni '80.
