Le bellezze paesaggistiche e la floridezza degli habitat naturali che caratterizzano oggi i luoghi incantati della Riserva di Torre Guaceto, in un passato non troppo lontano, hanno portato l’uomo a scegliergli come ideali per viverci stabilmente. Questo per un periodo lungo almeno 2.500 anni.
Le più antiche evidenze archeologiche oggi note a Torre Guaceto si riferiscono all’età del Bronzo (II millennio a.C.), periodo nel quale il paesaggio era piuttosto diverso da quello odierno.
Le ampie zone palustri costiere erano caratterizzate dalla flora tipica di questo habitat (canne, giunchi, cannucce e cariceti) ed erano popolate da numerosi mammiferi di piccola taglia, da uccelli, rettili, anfibi, pesci e molluschi. Più all’interno, gli arbusti della macchia mediterranea, gli olivi selvatici e i boschi di querce ospitavano cervi, cinghiali e caprioli oltre a lupi, gatti selvatici e lepri.
I villaggi dell’età del Bronzo della Riserva sono oggi localizzati sul promontorio di Torre Guaceto e sui due Scogli di Apani, e nascono probabilmente alla fine del Bronzo Antico (XIX sec. a.C.) per poi stabilizzarsi nel Bronzo Medio (XVIII-XV sec. a.C.). Si tratta di villaggi difesi da grandi muri di fortificazione e costituiti da capanne realizzate con elementi lignei e vegetali e le cui pareti erano coperte da un intonaco d’argilla, all’interno vi erano spesso dei focolari a terra e fornelli d’argilla. L’artigianato era una delle principali attività dell’epoca e portava alla realizzazione di contenitori ceramici, di armi, utensili ed ornamenti in bronzo, e di numerosi altri oggetti in argilla, selce e pietre dure, osso, corno, avorio, conchiglie e ambra. L’economia si basava sull’allevamento, la pastorizia, la caccia, la pesca ed il commercio, sia via terra con le comunità vicine, che via mare con i mercanti Micenei.
Poco si conosce ancora riguardo alla presenza umana a Torre Guaceto in età Messapica (metà VII- metà III sec. a.C.), periodo durante il quale l’abitato sembra essersi spostato più all’interno e frammentatosi, si suppone, in piccoli insediamenti rurali.
Dopo la conquista romana, le aree costiere tornarono ad essere dei poli di attrazione. Tra III sec. a.C. e I sec. d.C. il livello del mare era almeno 2m più basso dell’attuale, il porto-canale di Torre Guaceto era in piena attività, come testimoniato dalla ceramica rinvenuta sul secondo isolotto (che doveva essere ancora unito al primo), e la rada a sud era ancora un’ampia piana paludosa delimitata da discontinui cordoni paralitorali che comprendevano il terzo isolotto e i due scogli di Apani. La via Appia Traiana, che correva immediatamente a monte dell’attuale area paludosa, portò l’inserimento dell’area di Torre Guaceto nella rete di traffici e commerci che collegavano le ville e gli insediamenti rustici dell’interno ai grandi complessi produttivi costieri (come quello delle fornaci di Apani alla foce dello stesso canale). In questa fase, Torre Guaceto si configurava quale “caricatore”, un punto d’imbarco funzionale alla raccolta della produzione di olio e vino dell’entroterra, ed alle attività produttive delle vicine fornaci: da qui chiatte o piccole barche portavano le derrate a Brindisi, da dove venivano imbarcate sulle grandi navi onerarie romane alla volta delle stazioni commerciali del Mediterraneo.
In età Tardoantica, tra V e VI sec. d.C., la rada di Torre Guaceto era ancora un approdo importante, e questo è possibile dedurlo perché sul terzo isolotto sono stati individuati i resti di una torre-faro (realizzata in grossi blocchi squadrati) che segnalava l’ingresso alla baia ormai invasa dal mare, e anche grazie alla presenza di un relitto coevo nelle acque immediatamente antistanti.
Nell’XI sec. Torre Guaceto era uno degli approdi prediletti dalle piccole e veloci feluche dei Saraceni provenienti dalla Turchia che, attratti dall’abbondanza di acqua dolce, vi si rifugiarono durante i saccheggi dell’entroterra costiero. L’importanza di questo porto è testimoniata dal geografo arabo Edrisi che nel 1.164 definirà Torre Guaceto col toponimo di “GAW SIT” che significa “il luogo dell’acqua dolce”. Numerosi sono i documenti che nel Medioevo attestano la continua attività, per lo più commerciale, del “picciol porto di Gaugeto” sia con gli Angioini, che poi con gli Aragonesi. La rada è per due volte almeno, nel 1482 e nel 1528, utilizzata dai Veneziani come porto sicuro dove ricoverare i vascelli per muovere all’attacco dei piccoli centri dell’interno (S. Vito e Carovigno) evitando così le difese del porto di Brindisi.
La necessità di presidiare questo importante approdo conduce gli Aragonesi alla costruzione nel 1531 dell’attuale torre di guardia (anche se una più antica esisteva già). Torre Guaceto entra così a far parte del sistema difensivo costiero contro le incursioni turche: le torri di avvistamento comunicavano tra loro attraverso segnali di fumo il giorno e di fuoco la notte, mentre acusticamente attraverso campane. In questo modo, i torrieri lanciavano l’allarme sia alle popolazioni dell’entroterra che si rifugiavano nelle torri e nelle masserie fortificate (Torre Regina Giovanna e Castello di Serranova), che ai grandi centri di comando del regno.
Dal ‘700 la rada diventò proprietà della famiglia Dentice di Frasso che ne conservava i diritti di caccia e di pesca, provvedendo nel 1915 al prosciugamento del canale e costituendone nel 1940 una riserva di caccia. Da questo momento in poi l’area non è più stata interessata dall’insediamento umano, se non per ragioni militari durante il secondo conflitto mondiale, mentre l’entroterra ha sempre conservato una forte tradizione agricola.