Gli organi di indirizzo politico amministrativo dell'Ente sono rappresentati dal Consiglio di Amministrazione.
Il Consorzio è amministrato da un Consiglio di Amministrazione composto da 6 membri , due per ogni Consorziato, nominati dall’Assemblea come segue:
- Su proposta del Sindaco di Carovigno, il Presidente ed un membro;
- Su proposta del Sindaco di Brindisi, un vicepresidente ed un membro;
- Su proposta del Presidente del WWF Italia Onlus, un vicepresidente ed un membro.