La scelta di raggiungere la certificazione ambientale nell'Area Marina Protetta di Torre Guaceto nasce dal presupposto che le aree protette rappresentano un interessante laboratorio dove sperimentare nuove forme di politica ambientale, che possano essere in seguito applicate in altre realtà territoriali.
La convivenza obbligata tra esigenze di conservazione dell'ambiente e sviluppo economico è esempio della complessità della realtà delle aree protette, dove è necessario ridurre l'impatto ambientale derivante dalle attività umane, facendo coesistere gli interessi economici e il funzionamento degli organismi di gestione, nel rispetto della natura.

Il Sistema di Gestione Ambientale, elaborato secondo la norma ISO 14001, ha previsto la realizzazione di diversi step qui sotto riassunti:

• un'analisi di impatto ambientale relativa alle attività dell'organizzazione
• una politica ambientale
• un programma ambientale
• un elenco di indicatori ambientali da monitorare in relazione agli obiettivi
• un programma periodico di verifiche interne e di verifiche dell'ente di Certificazione
• un piano di miglioramento o di rientro su tematiche critiche
• un archivio dei reclami ambientali ricevuti
• un sistema di controllo per i fornitori e subfornitori relativamente al loro impatto
• un'adeguata comunicazione interna per sensibilizzare i collaboratori
• un sistema per archiviare e tenere sotto controllo diffusione ed applicazione di leggi ambientali nazionali e locali

Il raggiungimento della Certificazione ISO 14001 è un passo propedeutico alla registrazione EMAS II della Dichiarazione Ambientale dell'Area Marina Protetta, secondo la direttiva 761/01/CE.